서울고법 행정2부(김병운 부장판사)는 14일 정 전 사장이 이명박 대통령을 상대로 제기한 해임무효 소송에서 "(이명박 대통령의) 해임 판단은 재량권을 일탈한 측면이 인정돼 KBS 사장 해임 처분을 취소한다"며 1심과 마찬가지로 원고 일부 승소 판결했다.

2009년 11월 12일, 서울행정법원 행정13부(부장판사 정형식)는 "정연주 전 사장 해임 처분에 있어서 절차적 하자가 있고, 내용면에서도 일부 문제점이 인정된다. 정 전 사장에게 사전통지, 의견제출, 소명 등의 기회를 주었다고 볼 만한 아무런 증거가 없다"며 "해임 처분의 법적 근거 및 구체적인 해임 사유 등과 같은 이유를 전혀 제시하지 않았다. 위법하다"고 판결한 바 있다.

당시 법원은 "법원은 원고에게 일부 경영상의 잘못은 있으나 해임 사유로는 인정되지 않는다"며 "다만 해임 처분이 무효로 할 정도까지 명백한 위법성은 없어 무효청구는 받아들이지 않는다"고 밝혔다.

하지만 당시 법원은 "현행 방송법에 KBS사장에 대한 대통령의 해임권에 대해 명시적인 규정이 없다는 사정만으로 그 임명권자인 대통령에게 해임 권한이 없다고 볼 수 없다. 임명권한 자체에는 당연히 해임권한이 포함돼있다고 볼 수 있다"며 KBS 사장에 대한 대통령의 해임권을 인정했다.

이를 놓고 언론계에서는 "형식적 의미의 임명권을 매우 적극적으로 해석해 공영방송사 사장에 대한 면직권까지 인정해준 것은 지나친 해석"이라는 비판이 나왔다.

1심 판결과 관련해 정 전 사장은 2009년 11월 13일 MBC라디오 <손석희의 시선집중>과의 전화인터뷰에서 "해임의 위법성이 확인됐기 때문에 내가 해임된 이후 들어온 이병순 사장의 체제 역시 부당한 것이 된다"며 "내 문제가 어떤 형태로든 원상회복되지 않는다면 KBS는 계속 불법적인 체제가 될 것"이라고 지적하기도 했다.