그러나 윤 전 부총리는 지난 3월 민주진보 진영의 서울시 교육감 단일 후보 선출을 위한 시민경선에 참여하지 않았다는 도의적 문제가 있고, 후보자 등록신청 개시일로부터 과거 1년 동안 정당의 당원이 아니어야 한다는 교육감 후보자 조건에 부합하는지 여부에 대해서도 논란이 지속되고 있다.

이에 교수학술 4단체는 기자회견에서 “민주 진보 교육감 후보 단일화 경선을 거치지 않은 이가 뒤늦게 후보 단일화를 표방하는 것은 민주적 절차에 대한 부정이다”라고 규탄했다. 4단체는 “80여 교육·시민단체가 참여한 서울시 좋은 교육감 시민 추진위원회는 지난 3월 18일에 경선을 통해 조희연 성공회대 교수를 민주진보 단일후보로 선출한 바 있다”라고 상황을 설명하였다. 4단체는 “윤덕홍 씨는 단일화 과정을 몰랐다고 주장하고 있다”라는 해명에 대해서는 “단일화 경선을 주관한 ‘2014 서울시 좋은 교육감 시민추진위원회’는 윤 씨 측에 단일화 경선절차에 대해 자세하게 알려주면서 시민경선 참가를 권유하였다고 밝힌 바 있다”라고 폭로하였다.

또한 4단체는 “윤덕홍 씨는 이번 교육감 선거에서 후보자격을 얻기 위한 당적 포기 기준일인 5월 15일 이전인 2013년 4월에 탈당했다고 주장하고 있으나 이 또한 너무도 허술하다”라고 지적했다. 4단체는 “윤덕홍 씨가 2013년 4월 경 탈당계를 제출했다는 근거는 구 대구시장 당직자들이 제출했다는 경위서와 해당 인사들의 증언이 전부인 셈이다”라며 윤덕홍 씨의 당적에 대해 의혹을 제기했다.

윤덕홍 전 교육부총리는 2014년 1월 새정치민주연합 대구시당 단배식에 참석하고 4월 22일 새정치민주연합 경북도당 공천심사위원장을 맡는 등 출마 선언 직전까지 정당 활동을 해왔다. 해명이 미심쩍은 충분한 정황 증거가 있는 셈이다. 4단체는 “새정치민주연합 대구시당은 공식적인 답변을 하지 않고 있고, 중앙당은 대구시당의 일이라며 애써 외면하고 있는 상황”이라고 비판하면서 새정치민주연합에 대해서도 “현재 논란을 빚고 있는 윤덕홍 씨의 당적 문제에 대해서 회피하지 말고 정확하게 사실에 기초하여 입장을 밝힘으로써 제1야당으로서의 책임을 다하도록 하라”라고 주문했다.

한편 지난 3월 18일 민주진보 진영의 서울시 교육감 단일후보로 초대된 조희연 교수는 12일 기자회견을 통해 윤덕홍 전 교육부총리는 “설령 당선이 되더라도 검찰 수사 등을 통해 당선 무효가 선언 될 수 있는 폭탄을 안고 있는 후보”라면서 사퇴를 촉구했다. 조희연 교수는 “윤 후보의 당적 문제가 명확히 해소되지 않았다”라면서 “객관적 자료 없이 ‘인우보증’ 자료 하나만으로 탈당 시점의 소급을 요구하고 있다”라며 윤덕홍 전 부총리의 처신을 비판했다.