언론학자와 EBS직원들은 EBS가 공영방송임에도 불구하고 전체 예산의 70%를 교재 출판 등 상업 수익으로 채워야 하는 '불안정한 재원구조'를 EBS의 가장 큰 위기로 꼽았다.

2010년 예산 현황에 따르면, EBS 전체 예산 가운데 수신료 비중은 7.3%이며 방송발전기금(9.9%), 특별교부금(15.6%)을 모두 합해도 공적재원은 32.8%에 불과하다. 나머지 67.2%는 교재 출판(32.8%), 방송광고(13.2%), 뉴미디어 수익(10.3%), 영상수익(10.9%) 등으로 채워지고 있어 공영방송으로서의 공적 책무 수행에 큰 걸림돌이 되고 있다는 지적이다.

그렇다면, 현재의 기형적 구조를 개선하기 위해서는 어떻게 해야 할까. 언론학자 61%와 EBS 직원 92.1%가 '수신료 수익 증대'를 해답으로 꼽았으며, 언론학자 28%는 '방송발전기금'을 늘려야 한다고 제언했다. KBS가 TV수신료를 일괄 징수하여, 전체 수입 가운데 3%만을 EBS에 지원하고 있는 것과 관련해서도, 언론학자의 49%가 현재의 3%를 '10~19%' 선까지 높여야 한다고 지적했다. EBS 구성원들의 경우, '30~39%'(34.4%) '10~19%'(25.1%) '20~29%'(24.2%) 수준으로 높여야 한다는 의견을 내놓았다.

그러나 수신료 인상은 수혜의 당사자인 KBS가 적극적으로 추진했다가 'KBS의 불공정 보도'에 대한 비판 에 가로막혀 18대 국회에서 좌초된 상황이다. 이와 관련해, 'EBS 수신료'를 별도로 입법화 하자는 의견이 제기됐다. 언론학자 65%가 EBS 수신료를 별도로 입법화하는 방안에 대해 긍정적 의견을 나타냈으며, EBS직원들의 경우 89.3%가 찬성하고 나섰다. TV수신료 배분 역시 'KBS이사회'가 아닌 '수신료산정위원회'를 구성해 결정하도록 하자는 의견이 압도적이다.(언론학자 93%, EBS 구성원 94.4%)

언론학자 15%와 EBS 구성원 16.7%가 지목한 '정치적 독립성을 약화시키는 지배구조'도 주요한 위기로 꼽힌다. EBS 사장은 방송통신위원장이 방송통신위원회의 동의를 얻어 임명하게 돼 있으며, 면직권한까지 가지고 있어 방통위에 종속돼 있다는 지적이 높다. 때문에, 언론학자 80%와 EBS 구성원 96.3%는 "사장추천위원회 제정을 거쳐 대통령이 사장을 임명하고, 방통위원장의 사장 임면권은 삭제돼야 한다"는 개선방안에 동의했다.

방통위원장이 임명권한을 가지고 있는 EBS이사회 역시 '이사추천위원회'를 구성해 이사 후보들을 선정하고, 국회의장이 추천하게 한 뒤 대통령이 임명하도록 한 개선 방안에 대해 언론학자 45%와 EBS직원 80%가 찬성의 뜻을 나타냈다.