특히, 재판부는 검찰이 유우성씨가 간첩이라는 근거로 제출한 증거들이 사실상 조작이라는 사실을 인정했다. 재판부는 '서울시 공무원 간첩사건'의 핵심 증거인 유씨 여동생 가려(27)씨 진술의 증거 능력 자체를 인정하지 않았다. 재판부는 "여동생이 국정원 중앙합동신문센터에 사실상 구금된 상태에서 변호사 조력을 받을 권리를 보장받지 못했다"며 "심리적으로 위축된 상태에서 국정원 측의 회유에 넘어가 허위 진술했다"고 지적하고 이같이 판결했다.

이에 대해 유우성씨는 선고 이후 "여동생에 대한 불법구금이 인정돼서 기쁘다. 여동생과 통화해 이 사실을 알렸다"고 밝혔다. 유우성씨는 선고 직후 서울 고등법원 앞에서 가진 짧은 기자회견에서 "가족들이 병까지 얻는 등 힘들었던 시간을 보냈다"며 "이 일을 계기로 조작된 간첩 사건이 다시는 반복되지 않기를 바란다"고 말했다.

유우성씨는 지난 2013년 1월 20일 국가보안법상 특수잠입·탈출 등 혐의로 국가정보원에 체포되었고 같은 해 2월 26일 구속기소 되었다. 그러나 같은 해 4월 민변이 유가려씨의 자백이 국정원의 강압에 의한 허위라는 의혹을 제기했고 같은 해 8월 1심판결에서 국보법 위반 혐의에 대해 무죄판결을 받았다. 이후 같은 해 10월부터 전개된 항소심 공판에서 검찰은 국정원으로부터 받은 유우성씨의 출입경기록 등을 증거로 제출했으나 2014년 2월 14일 중국대사관 측이 검찰이 제출한 3건의 문서가 위조되었다고 회신하면서 ‘국정원 간첩 조작 사건’으로 비화했다. 이 사건에 대한 진상조사를 통해 지난 14일 서천호 국가정보원 2차장이 사임했고 15일엔 남재준 국정원장이 대국민 사과를 했다.

유우성씨의 변호인단은 "1심에서부터 우리가 줄곧 주장했던 여동생 가려씨에 대한 회유 사실, 불법구금 사실 등이 인정됐다"며 판결 결과를 반겼다. 하지만 변호인단 중 한 명인 천낙붕 변호사가 "대법원의 판단을 받아볼 것"이라고 말하는 등 상고가능성은 있어 보인다. 이날 선고 공판에 '증거조작 사건'의 핵심 인물로 지목된 몇몇 검사들은 참석하지 않았다.